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Plegando proteinas  

Los de SpreadFirefox me han recordado el sitio web de Folding@Home, un proyecto de computación distribuida de la Universidad de Stanford. La computación distribuida consiste en repartir una tarea entre varias máquinas para que cada una haga una parte, permitiendo que lo que en un único superordenador se tardaría decenas de años en completar, pueda computarse en cuestión de días/meses. Hay montones de proyectos similares a este en los que aportar tu granito de arena.

El fin de Folding@Home es el de realizar nuevos avances en estudios de plegamiento proteico. Como a casi todos esto os sonará a chino, y Eyring está un poco ocupada para poder explicároslo, me voy a remitir a lo que se indica en la página del proyecto:

Simulación de la proteina Villina lograda por Folding@Home
Las proteínas son los motores de la Biología – sus "nanomáquinas". Para poder desempeñar sus funciones bioquímicas primero se deben auto ensamblar, o "plegarse" de manera increíble. El proceso de plegamiento de las proteínas, que resulta crítico y fundamental virtualmente para toda la Biología, continúa siendo un misterio.

No sorprende, por tanto, que cuando las proteínas no se pliegan correctamente (es decir, cuando se “mal pliegan”), puedan producirse consecuencias graves, que incluyen a enfermedades ampliamente conocidas, tales como las enfermedades de Alzheimer, de la vaca loca (Encefalopatía Espongiforme Bovina), de Creutzfeldt-Jacob, la Esclerosis Lateral Amiotrófica, y el mal de Parkinson.

Por tanto, me pareció un proyecto en el que colaborar mucho más interesante que el más famoso SETI@Home, y además a diferencia de ese, Folding@Home ya ha dado resultados. Además, en mi familia hay antecedentes de Alzheimer, otro motivo más por el que colaborar.

Para ayudar, tan sólo tienes que instalarte un programa cliente (Win - LinuxIntel) que pide datos a los servidores del proyecto, los calculan y al acabar les envían de vuelta los resultados obtenidos.

El cliente es pequeño (unos 500KB) y aunque mi máquina es lenta, no noto su presencia, salvo por un iconito más en el systray. No se necesita configurar absolutamente nada (puedes poner un nombre de usuario, o unirte a uno de los grupos de trabajo, yo me he unido al de FireFox). El programa se conecta solito, solicita datos para calcular, y trabaja cuando no hay ningún proceso usando la CPU, por lo que no afecta al rendimiento. Además, se puede ejecutar como salvapantallas, y puedes ir viendo la simulación del plegado de la proteina en la que tu CPU está trabajando.

Casualmente, he sido asignado al proyecto de trabajo nº724, el estudio sobre la agregación de la Beta Amyloid peptide (Abeta, o péptido del Alzheimer), que se piensa que es la responsable de la muerte de neuronas asociada a dicha enfermedad.

¿Os animais a echar una manita a entender un poco mejor cómo se producen estos procesos?


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